원래 WMV는 파일 크기를 줄이는 방식이므로 자연스럽게 화질은 떨어집니다.
화질에 중점을 두신다면 swf 방식이 더 좋을 듯 하구요.
그래도 wmv 방식이 못봐줄 정도는 아닌데...
녹화 때부터 800x600 또는 640x480으로 해 보세요.
제작할 때 화면 크기를 축소하면 아무래도 화질이 더 떨어집니다.